十七世纪中叶，沙俄哥萨克开始武装入侵我国黑龙江流域，清政府意识到沙俄侵略的严重性后，多次派出军队与黑龙江沿岸各族人民一起，驱逐外敌、保卫疆土。清康熙十年（1671年），康熙皇帝谕令宁古塔将军巴海：“罗刹虽云投诚，尤当加意防御，操练士马，整备器械，毋堕狡计”，为防范沙俄不断侵犯黑龙江，巩固北部边防，康熙十三年（1674年）移吉林水师分驻瑷珲、齐齐哈尔等处。
康熙二十一年（1682年）九月，因沙俄盘踞雅克萨而不退，扰乱边疆，康熙命朗谈、彭春等率兵以捕鹿为名前往侦察。十二月，郎谈等察毕而返，奏“攻取罗刹甚易，发兵三千足矣”，康熙帝却对黑龙江边防有更加深远的考虑，“第兵非善事，宜暂停攻取”，谕令：“调乌拉、宁古塔兵一千五百，并置造船舰，发红衣炮、鸟枪及演习之人，于黑龙江（瑷珲）、呼马尔二处，建立木城，与之对垒，相机举行。”康熙二十二年（1683年）九月，康熙皇帝决策：“兵丁频事更番，必致困苦，非久长之策，在黑龙江建城永戍，预备炮具船舰，令设斥堠于呼马尔……由水路陆续运粮，积贮黑龙江……如罗刹船由黑龙江下，我舟师尾击甚易。”十月，授萨布素为镇守黑龙江等处地方将军，以从征将士兵丁留江驻防，编为黑龙江八旗军，“从征水手未准编入，仍当驾船之差，但准携带家口，隶入水师营中管辖，设水师总管一员，驻省城，嗣以造船之故，设四、五品官等驻船厂（今吉林市），专司修造船舰”。《龙江述略》载有：“按黑龙江水师之兴，在康熙二十二年（1683年）征罗刹时，原以运粮为重，其后定为制兵。”民国九年《瑷珲县志》记载：“水师营始于康熙二十二年。”随着康熙皇帝“永戍黑龙江”战略方针的落实，黑龙江水师成为黑龙江将军辖区防务的重要组成部分，而黑龙江城（瑷珲）水师营，即瑷珲水师营，作为黑龙江最先成立的水师营，因其特殊的地理位置和军事斗争需要，肩负着驻守抗俄前线指挥所侦察、运输、防御、震慑等重责，“（黑龙江）综计船只一百有余，黑龙江城（瑷珲）居其大半，防江之意秩然可见”。
瑷珲水师营，初设四品官一员，五品官二员，六品官二员，领催八名，水手四百一十九名。水师诸官仅有品阶而无官号，“例以汉军为之，其所属同”。诸兵以流人及其后代为主，《龙江述略》记述：“国初所取水手皆乌拉、宁古塔流人，闽、广、两湖原籍居多。”《柳边纪略》记载：“船厂、宁古塔流徙者，多爱浑（瑷珲）将军调度，本地将军以下不得主。爱浑（瑷珲）将军旧官宁古塔，熟知流人姓名，按籍而稽无得免者。故，流人、奴仆年壮者皆为爱浑（瑷珲）水手、艌匠正身。年老文弱者皆为帮儿。帮儿，帮正身者也，每年出银六两给正身家。庚午年（1690年），将军以下，帮儿以上，皆移家爱浑（瑷珲），朝廷给移家银，官四十两，披甲、水手半之，帮儿不与，余去宁古塔时尚未尽行也。”《黑龙江外记》中详细地记录了瑷珲水师营各职官、兵丁岁俸饷银：“四品官一百五两，五品官八十两，六品官六十两；领催十八两，水手十二两。”
瑷珲水师营大战船十只，二号战船四十只，江船十只，在城南70里拖里尔峰河套停泊。各种船只名目在不同史料中记述有所差异，如《黑龙江志稿》记有：“康熙二十一年，罗刹据雅克萨城……其时，有大船、花船、桨船名目”，西清在《黑龙江外记》中分析：“然今二号战船谓之‘花船’，江船谓之‘小战船’，见于官文书，而《盛京通志》所载划子船今无其物，且不闻有举其名者，疑‘花船’即‘划子船’转音，攻战之具必不以‘花’名也。”
关于船只的维修，《龙江述略》记载：“黑龙江城（瑷珲）额设船六十二只，并有三十年拆修、五年补修之制，其拆修、补修均在吉林船厂，额设水手即供伐木匠作之用，一应物料，均先期奏明数目，派员分赴京都、奉天两工部支领。”《黑龙江志稿》记载：“（康熙）四十四年（1705年），将军宝鼎奏，齐齐哈尔、墨尔根、黑龙江（瑷珲）三城大小战船，原系三年大修，五年拆修，改为五年大修，十年拆修。”《瑷珲县志》记载：“水师营向管大船十六只，花船十二只，桨船二十只，分年建造、补修，差员由北京工部领取物料，在吉林头道码头修造。”《黑龙江外记》记载更为细致：“战船例以五年大修，十年拆造，其备用物料三城（瑷珲、齐齐哈尔、墨尔根）库贮共铁六千三百斤、桐油五千八百斤、线麻四千六百斤、白布一千三百匹、棉线四十五斤、风竹一千九百根、抱桅八百块、棕绳七百六十条、麻绳七千条、苘麻绳一百条，遇修造，动用如干，报工部请领归款。所谓‘风竹’竹竿也，‘抱桅’竹片也，皆官文书中语。”
《龙江述略》中对瑷珲水师营每年开江后、封江前两次军事演练以及正月时进行冬围有着较为生动的描述：“旧例，岁值四月，江冰大开，将军躬往阅操，扬旗鸣钲，于中流上下燃红衣大炮以示威武，声殷山谷；八月，江冰将结，亦复如之。而当正月，雪后黄羊大集时，则调各城水手聚而大猎，如陆师冬围故事。”民国九年《瑷珲县志》记载也较为详细：“水师营官兵、水手防边操练，每年定为春、秋两季，二八月间各演操四十日。各兵先以马箭一支、步箭五支，在城较射嗣、在南教场演练枪队。而水师以花船八只分八旗，仍以各佐之兵荷枪上船，排队操习。期限将满，即请都护阅操，分别赏罚事毕，则散归农，每年如例。”
然而，清朝中后期政府由盛至衰、逐渐腐朽没落，瑷珲水师营亦随之衰败，“以光绪十三年（1887年）计之，黑龙江城（瑷珲）额船仅存三十二只，寄泊江滨，日渐朽蠹，亦无过而问者，若非粮运关乎军食，几无一船之可用矣”“中、俄分江而后，彼之轮泊沿江上下，震骇耳目，我则因循废弛，国帑虚糜”“自中俄画江为界，彼以巨轮上下，我以破艇孤浮，适足贻羞，遑云御侮，庚子变后，无复一船”，曾因御敌而设立的瑷珲水师营终因无力对敌被裁撤，光绪三十一年（1905年）十一月，署理黑龙江将军程德全奏准裁撤水师营。
瑷珲水师营从清朝鼎盛时期的康熙年间设置，至风雨飘摇的清末被裁撤，历时200余年中，在镇守东北边疆、抵御外敌入侵、保障物资运输等方面都作出了不可磨灭的重要贡献。
